Es una artista interdisciplinar y educadora con una trayectoria que incluye 31 exposiciones individuales realizadas en Europa y América del Sur. Entre 2015 y 2016 presentó la muestra antológica Aliento en el Centro de Arte Contemporáneo de Quito. Su producción se construye desde la colaboración y la transdisciplinariedad, abarca obras que expanden los medios tradicionales e integran el espacio como elemento clave. Investiga prácticas ancestrales de Oriente y su actualización en contextos occidentales, articulando procesos de creación en investigación artística, que impulsan un diálogo muy fértil entre la práctica artística y la práctica docente.
Se desempeñó como docente de la Pontificia Universidad Católica del Ecuador por veintiocho años, y profesora fundadora de la Carrera de Artes Visuales en la misma universidad. Es autora de varios libros, entre ellos Aprendizajes para la convivencia (en coautoría con Roberto Vega). Este es un libro pedagógico-artístico que se inspiró en el cultivo de jardines urbanos, en el que la creación se concibe como un sistema vivo y emergente que abraza la incertidumbre, la diversidad y la fragilidad.
Forma parte de ARTEDUCARTE desde sus inicios en el año 2000, además integrante del colectivo CON-SENTIDOS, que fue creado en 2015, para dar respuesta a la necesidad de acompañar al profesorado de escuelas públicas en procesos de crecimiento personal, de apoyo a su labor educativa, y a la vez otorgarles herramientas de autoconocimiento y autocompasión, útiles para su propia vida y para llevar estas habilidades internas al aula.
Actualmente, forma parte del equipo impulsor del proyecto Educación para la Paz, y está designada como Líder de educación en Entrenamiento de la Compasión Ecuador, patrocinado por el Centro de Ciencias Contemplativas y Compasión basado en la Ética, de la Universidad de Emory, Atlanta, USA. Pilar Flores es Profesora CBCT (Cognitively Based Compassion Training) certificada por la Universidad de Emory, Atlanta, USA (2025). Desde 2024 es miembro de la Fundación Samuel Fernández Carriba para el Cultivo de la Compasión, España. Pilar ha recibido en su casa a comunidades de meditadores a lo largo de 30 años.